Visi
SMA Pangudi Luhur Yogyakarta merupakan tempat mewujudkan komunitas iman dengan cara menempatkan Tuhan Allah sebagai pusat hidup dalam upaya membangun persaudaraan sejati serta menanggung karya bersama dalam pendampingan kaum muda menuju pribadi dewasa, beriman,berpengetahuan, trampil, bermartabat, berbudi pekerti luhur, dan terbuka menghadapi tantangan jaman.

Misi
Membantu mendampingi siswa menemukan potensi yang dimiliki untuk dikembangkan secara optimal serta melatih siswa mandiri, bertanggung jawab, bermartabat, dan berbudi pekerti luhur, menghargai, menghormati sesamanya dan menerima diri sebagai pribadi yang unik sehingga menjadi pribadi dewasa.

Tujuan

1. Menghasilklan peserta didik yang dengan ilmu pengetahuanya mau mengabdikan diri bagi Tuhan dan sesama.
2. Menghasilkan peserta didik yang beriman dan bersikap profesional tanpa membedakan agama, ras, suku, dan tingkat sosial.
3. Menghasilkan peserta didik yang mempunyai kemampuan berorganisasi dan bermasyarakat.
4. Menciptakan hubungan baik antara sekolah dan orang tua, alumni, masyarakat sektar, sekolah lain, perguruan tinggi, maupun lembaga lembaga lain.
5. Mengahasilkan peserta didik yang dapat diterima di perguruan tinggi yang berkualitas baik dan mampu menentukan pilihan sesuai dengan bakat dan kemempuan mereka.